压缩空气的质量受到多种因素的影响，其中微生物污染是其中的一大问题。大约超过80%的压缩空气中的颗粒尺寸小于2µm，这意味着它们能够轻易地穿过空压机的进气过滤器。这些颗粒随后在整个系统中扩散，与水滴、油滴以及管道残留物混合，创建了理想的环境供微生物繁殖。
为了最大限度地减少微生物在压缩空气中的增长，可以在空压机的出口处安装过滤器。但如果需要更纯的压缩空气质量，必须控制过滤器后的微生物增长。微生物，包括细菌、病毒和噬菌体，其尺寸往往小于1µm，这意味着它们可以轻松地穿过进气过滤器。这对许多行业来说是一个严重的问题，因为作为生物，这些微生物在适当的条件下可以快速繁殖。
如果压缩空气系统中的湿度过高（接近或达到100%），并且存在充足的营养源，如润滑油和其他污染物，微生物可以在这种环境中迅速繁殖。为了控制这种情况，可以采取两种措施：将空气干燥至相对湿度低于40%（通过使用不同类型的干燥机实现），并在系统中安装无菌过滤器。无菌过滤器需要安装在可以蒸汽灭菌或易于打开的壳体内，并需要定期进行消毒。
当涉及到过滤器的选择和使用时，需要注意几个关键因素。现代纤维过滤器在除油方面非常有效，但实现精确控制的压缩空气的含油量是困难的，因为许多因素，包括温度，都会影响分离过程。此外，滤清器的分离能力可能会受到气候和季节变化以及工作温度的影响。
为了达到最佳的过滤效果，需要保证空气尽可能干燥，因为润滑油、活性炭和无菌过滤器在含有水分的情况下可能导致不良结果。纤维过滤器只能去除液滴和雾化油，而活性炭过滤器能够去除润滑油蒸汽。正确安装的纤维滤清器和适当的预过滤器可以将压缩空气中的润滑油含量减少到0.01mg/m3，而带有活性炭的滤清器可以将其减少到0.003mg/m3。
无油空压机可以省去油过滤器，降低了排气压力，从而减少了能源消耗。无油空压机在许多情况下，从经济性和空气质量的角度看，已经被证明是一个优秀的解决方案。
