冷却器对压缩机的稳定运行有着极为重要的作用。冷却器污损的原因有以下几个。
气侧堵塞。吸入空气中的粉尘杂质在翅片上粘黏，尤其是二级后中冷，在冷凝水的共同作用下，灰尘和水会发生极为严重的粘黏，使空气阻力增加。由此带来的后果一是压头下降，可能让设备更容易进入喘振;二是气量减少，导致产气量不足，同时过少的气量也会使压缩机更容易发生喘振，此外冷却器传热效率下降，而且在翅片上的积垢很难清理。以上大多为过滤器不良导致。
水侧结垢。结垢会导致冷却效率严重下降，排气温度高，过高的排气温度会使压缩效率严重下降，甚至引发喘振，因此，需要避免结垢。避免结垢的关键是需要控制冷却水的硬度。
如结垢，需及时清理。可以采用弱酸循环、物理清理的手段予以去除。但某些“气走管内，水走管外”结构的压缩机，在堵塞严重的情况下，以上手段几乎都不能有效清除结垢，只能换新处理，成本巨大，为此还是尽量控制冷却水硬度为上。
疏水困难。某些压缩机设计时冷却器结构不合理，或者流动参数选择过于极端。冷凝水分离效率差，冷凝水被带入下一级叶轮，叶轮被带液冲击，时间长久容易损坏叶轮。这种情况多出现在高湿度、低压大流量的场合。例如，夏天振动高，冬天振动下降，但整体趋势为阶梯式上升的场合，大概率是带液冲击，结合叶轮上的液流痕迹就可以基本判定。
疏水困难首先要排除疏水阀堵塞等情况。事实上，由于疏水阀腐蚀堵塞等情况引发的带液冲击现象极为普遍。
排除疏水问题后，处理带液冲击就比较困难，因为多为原始设计的问题。例如曾经在运维实践中将级间管路打开，加入旋风分离器来实现额外除液，270Nm³/min设备，夏天顶峰时多分离出来160kg/h水量，这是极为惊人的水流量。
冷却器芯组震动。冷却器芯组在高速气流冲击下。如果设计或者安装不良容易发生芯组震动，撕裂冷却器部件，磨破冷却管，导致漏水，带液冲击叶轮。最严重的是断裂的螺母等小零件被卷入下一级叶轮，打坏叶轮，损伤整个转子，造成极为严重的损失。这种故障多发生于抽屉式冷却器，过长的展弦比使得芯组成为细长易震结构。但这多属于原始设计问题，极难更改，多检查芯组运行状况是最佳方案，如果损坏过于频繁，就加大加厚芯组的盖板等芯组结构件强度来减少损坏频率，但极难根治，除非对芯组全新设计。
